À Auditoria Interna compete promover inspeções e auditagens nos diversos níveis de atuação da FUNAI, objetivando o fiel cumprimento da legislação vigente e das normas internas que disciplinam a execução orçamentária, financeira, contábil e o controle patrimonial, bem como promover avaliações dos resultados das aplicações de recursos.

Competência estabelecida pelo Decreto nº 4.645, de 25 de março de 2003

A Coordenação Geral de Assuntos Externos é o setor da FUNAI responsável pela criação e orientação da política de comunicação social da Instituição. Essa política, na atualidade, tem como linha básica de atuação levar à população brasileira o máximo de informações, sobre a instituição e as comunidades indígenas. Um dos objetivos é a mudança da imagem da Funai em sua ação a favor da causa indígena.

O público externo conta com o site da FUNAI na Internet. Totalmente reformulada, a página na WEB disponibiliza diariamente notícias, opiniões, textos técnicos, projetos e informações atualizadas.

A CGAE procura abrir novos espaços dentro dos veículos tradicionais de comunicação, sugerindo pautas e fazendo um trabalho de aproximação com profissionais de imprensa.

O setor engloba as ações de Relações Públicas e eventos. Dá apoio a atividades como os Jogos dos Povos Indígenas, seminários, encontros e atividades em que é chamada a participar. Na área específica de Relações Públicas realiza atividades como exposições fotográficas, mostras de cinema e apresentações culturais que acontecem em várias partes do País.

Competência estabelecida pelo Decreto nº 4.645, de 25 de março de 2003

À Coordenação-Geral de Defesa dos Direitos Indígenas compete acolher e promover a apuração e avaliação de denúncias relativas a agressões aos direitos e interesses dos índios e suas comunidades.

Competência estabelecida pelo Decreto nº 4.645, de 25 de março de 2003

 À Coordenação-Geral de Estudos e Pesquisas - CGEP compete coordenar programas de estudos e pesquisas de campo, nas áreas de Etnologia Indígena e Indigenismo, coordenar e controlar a atuação de organizações não-governamentais, e analisar e emitir pareceres sobre pedidos de autorização de ingresso nas áreas indígenas.

Competência estabelecida pelo Decreto nº 4.645, de 25 de março de 2003

À Coordenação-Geral de Projetos Especiais compete coordenar e controlar a execução de projetos de caráter extraordinário e circunstancial, em áreas indígenas específicas, que passam à responsabilidade da Administração Central.

Competência estabelecida pelo Decreto nº 4.645, de 25 de março de 2003

À Procuradoria Jurídica, na qualidade de órgão executor da Procuradoria-Geral Federal, compete prestar assistência jurídica ao Presidente, promover a defesa dos direitos e interesses da FUNAI e dos índios, nas esferas administrativa, contenciosa e fundiária, e orientar as unidades descentralizadas no cumprimento das disposições legais, regulamentares, regimentais e no tocante à jurisprudência a eles aplicáveis.

Competência estabelecida pelo Decreto nº 4.645, de 25 de março de 2003