O CNPC é integrado por treze membros titulares, e igual número de suplentes designados pelo Ministro de Estado da Justiça, dentre professores e profissionais da área de Direito Penal, Processual Penal, Penitenciário e ciências correlatas e por representantes da comunidade e dos Ministérios da área social.

O Conselho compõe-se de: Presidência;1ª Vice-presidência;2ª Vice-presidência; e Plenário.

O Plenário, constituído por todos os membros titulares e suplentes, conhecerá das matérias submetidas à apreciação do Colegiado