Atua coordenando, controlando e executando as atividades de administração de pessoal; recrutamento, capacitação e treinamento; aplicação da legislação de pessoal; serviços gerais e atividades auxiliares, bem como orientando e acompanhando as unidades descentralizadas da Funai no cumprimento das normas vigentes destas áreas.

Integram esta Coordenação-Geral quatro coordenações: Coordenação de Gestão de Pessoal, Coordenação de Treinamento e Desenvolvimento, Coordenação de Legislação de Pessoal e Coordenação de Serviços Gerais.

À Coordenação de Gestão de Pessoal compete coordenar, supervisionar, controlar e executar as atividades relativas a cadastro, aposentadoria, pensão, lotação e pagamento de pessoal, garantindo e promovendo o interesse do servidor.

À Coordenação de Treinamento e Desenvolvimento compete planejar, analisar, executar, supervisionar e avaliar as atividades de recrutamento, seleção e capacitação de pessoal, avaliação de desempenho e estágio.

À Coordenação de Legislação Pessoal compete zelar e orientar quanto à aplicação da legislação e jurisprudência relacionados com assuntos de pessoal, instruir processos referentes a enquadramento, direitos e deveres, vantagens e responsabilidades dos servidores, bem como os referentes à ação disciplinar.

À Coordenação de Serviços Gerais compete supervisionar, controlar e executar, no nível da administração central, as atividades relacionadas à expedição e protocolo, telecomunicações, transporte, manutenção, aquisição, controle, guarda, distribuição e alienação de bens materiais, bem como à contratação de obras e serviços.
Atua coordenando, controlando e executando as atividades de administração de pessoal; recrutamento, capacitação e treinamento; aplicação da legislação de pessoal; serviços gerais e atividades auxiliares, bem como orientando e acompanhando as unidades descentralizadas da FUNAI no cumprimento das normas vigentes destas áreas.

Atua com o objetivo de garantir a proteção, preservação e divulgação das fontes documentais sobre as sociedades indígenas, assegurando pleno acesso às informações nelas contidas ao público em geral e servindo como instrumento de apoio à administração e ao desenvolvimento de estudos e pesquisas sobre os índios e a política indigenista.

Como estratégia para alcançar esse objetivo, prioriza a melhoria das condições de armazenamento e de acesso aos documentos; a capacitação de seu pessoal técnico e auxiliar; a adoção de metodologias e implantação de instrumentos, visando à padronização das atividades de documentação; o estabelecimento de um programa de intercâmbio para otimizar o fluxo das informações; a otimização e atualização de acervo bibliográfico, a implementação de um programa editorial e o desenvolvimento de atividades culturais direcionadas ao público infanto-juvenil.

Também dispõe do Serviço de Informação Indígena, unidade à qual cabe executar as atividades de captação, processamento e disseminação de informação de interesse do órgão federal indigenista, visando a subsidiar o processo decisório, os estudos e a divulgação sobre os índios e a política indigenista, bem como a promover o intercâmbio de informações com organizações governamentais e não-governamentais.

Conta ainda esta Coordenação-Geral com uma unidade que cuida das questões e dos arquivos com funções administrativas, cujo objetivo é planejar, controlar e executar as atividades relativas à gestão de documentos, bem como proceder às medidas necessárias que assegurem a guarda, a preservação, a proteção dos mesmos. À divisão de Editoração cabe executar programas de publicação de livros e dissertações relacionados à temática indígena, em especial os trabalhos produzidos por técnicos da FUNAI.

A Coordenação-Geral de Informática é responsável pelo planejamento, coordenação, supervisionamento e execução das ações relativas ao desenvolvimento de sistemas de informação, bem como racionalizar o uso dos recursos de informática, e controlar os respectivos equipamentos.

A Coordenação-Geral de Informática é composta por duas coordenações:

Coordenação de Desenvolvimento de Sistemas que tem por atividade principal executar os serviços de especificação e documentação, implantação, manutenção e a avaliação de padrões e os procedimentos para a integração da informação com os sistemas de microinformática, bem como a comunicabilidade com os sistemas de maior porte.

Coordenação de Operação tem por atividade principal, prestar serviços de orientação técnica para instalação, manutenção física, controle de equipamentos e acessórios, avaliar o desempenho das redes de comunicação de dados quanto a utilização, manutenção, performance dos equipamentos do parque de informática desta Fundação, tanto na Sede como em suas unidades descentralizadas.

Atua procurando assegurar a implementação do planejamento global, anual e plurianual da FUNAI, desenvolvendo as atividades de orçamento, modernização administrativa, contabilidade e de finanças.

A Coordenação de Orçamento age elaborando, orientando e consolidando as propostas orçamentárias, os planos de aplicação de programas especiais e dotações globais, elaborando e consolidando os cronogramas de desembolso, prestando serviços de orientação técnica às unidades descentralizadas da FUNAI, acompanhando e avaliando o desempenho do sistema de orçamento.

A Coordenação de Modernização Administrativa exerce as atividades de ajuste dos métodos e processos de administração à eficiência e eficácia da FUNAI, de formulação de diretrizes e normas de organização com vistas a otimização de ações, bem como de desenvolvimento de estudos visando à atualização das estruturas organizacionais e, especificamente: de desenvolvimento, implantação, avaliação e montagem dos procedimentos administrativos dos sistemas de informação em articulação com o Departamento de Informática; de orientação na elaboração de formulários e de desenho técnico publicitário, gráfico e artístico; e de desenvolvimento de estudos destinados ao contínuo aperfeiçoamento da FUNAI e de promoção de reformulação de suas estruturas, normas, sistemas e métodos em articulação com o órgão setorial de modernização e informática doMinistério da Justiça.

A Coordenação de Contabilidade atua recebendo, conferindo e emitindo parecer sobre prestação de contas de suprimento de fundos, mantendo registro dos ordenadores de despesas, elaborando tomadas de contas especiais, procedendo a conciliação das contas bancárias; preparando a prestação de contas anual; recebendo e conferindo os documentos de ordem contábil, executando os lançamentos de baixa e transferência patrimonial, elaborando balancetes mensal e o balanço geral; mantendo o controle dos instrumentos firmados, acompanhando o andamento dos serviços contratados e elaborando, sempre que necessário, relatórios físico - financeiros.

A Coordenação de Finanças age realizando, registrando e acompanhando a execução orçamentária da FUNAI, controlando os saldos de pessoal e da administração central, promovendo o repasse dos créditos orçamentário e financeiro às unidades descentralizadas, acompanhando e controlando a utilização do Sistema Integrado de Administração Financeira - SIAFI; registrando, controlando, classificando e analisando as receitas, elaborando o cronograma de desembolso da administração central, registrando e controlando as contas bancárias sob sua responsabilidade