O controle de estruturas de mercado (controle de concentrações) é uma das vertentes de atuação do SBDC. Consiste basicamente na análise dos atos de concentração, ou seja, no exame de operações societárias – fusões, aquisições, incorporações e joint ventures – e acordos cooperativos empresariais à luz da Lei n° 8.884/94, especialmente do previsto em seu art. 54.

Esse eixo de atuação tem por objetivo evitar que estruturas de mercado fiquem demasiada e injustificadamente concentradas, o que, por sua vez, acabaria por facilitar a adoção de condutas anticoncorrenciais. Trata-se, pois, de uma forma de prevenir a ocorrência de infrações à ordem econômica. A aprovação ou reprovação de tais operações é de competência do Conselho Administrativo de Defesa Econômica (CADE), que para tanto vale-se dos pareceres da SDE e da Secretaria de Acompanhamento Econômico (Seae) que avaliam os repectivos aspectos concorrenciais. Além de proibir ou não a conclusão dessas operações, o CADE pode ainda determinar a adoção de medidas corretivas de forma a evitar que tais operações possam causar impactos concorrenciais negativos nos mercados afetados.

Aproximadamente 75% das operações são analisadas pelo SBDC pelo rito sumário, por serem atos de menor complexidade, como por exemplo substituições de agentes econômicos.

As hipóteses em que tal rito é aplicado são previstas nas Portarias Conjuntas SDE/Seae nº 1, de 18 de fevereiro de 2003 e nº 8, de 2 de fevereiro de 2004.  Em casos de operações de maior potencial lesivo à concorrência, e a fim de se evitar a duplicação de tarefas, a SEAE e a SDE podem promover a chamada instrução conjunta, nos termos da Portaria Conjunta SDE/Seae nº 33, de 4 de janeiro de 2006.