A Coordenação Geral de Educação da FUNAI a partir do Plano Plurianual 2004-2007 passou a trabalhar com uma nova abordagem para as suas ações e aplicações dos recursos correspondentes, resultando na elaboração de um programa denominado Educação Para a Promoção da Cidadania dos Povos Indígenas, que executa ações  visando assegurar o cumprimento dos direitos indígenas referentes às políticas públicas para educação, fiscalizando, apoiando, acompanhando e avaliando as ações de educação escolar indígena, garantindo a participação dos povos indígenas na concepção, elaboração, execução e avaliação dos programas, projetos e ações educacionais, colaborando técnica e pedagogicamente, propondo medidas para que as ações educativas em terras indígenas aconteçam de forma articulada e sejam compatíveis com as necessidades das comunidades indígenas, objetivando a autonomia dos povos indígenas e o fortalecimento da diversidade sócio-cultural, respeitadas as competências da União e dos Estados.